Skolbaserat program har varit AFS-JPN:s kärnprogram för värdskap sedan 1963.
Det ger studenter möjlighet att lära sig om Japan och det japanska språket genom att bo hos en värdfamilj, vara en del av ett samhälle och delta i undervisningen på en lokal gymnasieskola. Stud går på en offentlig/privat gymnasieskola utan att betala någon terminsavgift. Det förväntas att studenter deltar i skolan regelbundet och visar kontinuerlig ansträngning i sitt tilldelade skolarbete.
Medan de flesta studenter går på vanliga gymnasieskolor, går vissa på sekundärskolor (en kombination av högstadium och gymnasium) eller tekniska högskolor (KOSEN, en kombination av gymnasium och högskola med fokus på ingenjörsvetenskap). Studenter går i klasser från årskurs 10-12 (vanligtvis årskurs 10 eller 11). Vissa privatskolor har religiös bakgrund, och studenter kan ombes delta i religiösa aktiviteter som en del av skollivet. Dessutom är 20-30 % av AFS värdskolor pojk-/flickskolor.
Studenter tilldelas en av de 60-70 lokala kapitlen i Japan, där de får regelbundet stöd under programmets gång. Studenter kan placeras i olika områden – stora städer, förorter eller landsbygden. Särskilt i stora städer och förorter är bostäder ganska små och många bor i lägenheter. Det är vanligt att barn delar sovrum.
De flesta familjer är traditionella kärnfamiljer, men studenter kan placeras hos vilken familjetyp som helst, inklusive familjer utan barn, en ensamstående förälder med barn eller ett pensionerat par.